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Ambiente Computacional

O ambiente computacional do CESUP foi projetado de modo a permitir que a maioria dos usuários possam compilar e processar seus códigos, independentemente da linguagem de programação na qual tenham sido escritos, do paradigma adotado (memória compartilhada ou distribuída), e sem a necessidade de qualquer tipo de alteração às variáveis de ambiente.

 

Processamento de Alto Desempenho

Três implementações da interface de troca de mensagens MPI, que viabiliza o processamento em memória distribuída, são disponibilizadas pelo CESUP: o MPT (Message Passing Toolkit da SGI, que é adotado como padrão), o IntelMPI, e o OpenMPI (esta última disponibilizada em duas distribuições: uma compilada inteiramente com a suíte de compilação GNU, e outra com a Intel). Com um mecanismo de seleção simples, eficaz e totalmente automatizado, os usuários do CESUP podem alternar entre estas implementações, suas diferentes distribuições e suas respectivas suítes de compilação. Versões atualizadas das suítes GNU e Portland viabilizam também o processamento em memória compartilhada, via OpenMP. O gerenciamento dos recursos computacionais é feito pelo software PBS Pro.

 

Bibliotecas

Entre as bibliotecas com suporte a processamento de alto desempenho, destacam-se a suíte AMD Core Math Library (ACML), que implementa, entre outros, o Linear Algebra Package (LAPACK), o Basic Linear Algebra Subprograms (BLAS, níveis 1, 2 e 3) e uma suíte Fast Fourier Transforms (FFTs); ainda no campo da álgebra, a Intel Math Kernel Library (MKL); o Basic Linear Algebra Communication Subprograms (BLACS) e a Scalable LAPACK (ScaLAPACK). O Centro disponibiliza ainda o Network Common Data Form (NetCDF), o Hierarchical Data Format (HDF5), a GNU Scientific Library (GSL), a GNU Multiple Precision Arithmetic Library (GMP), entre outras.

 

Unidades de Processamento Gráfico

Acerca das unidades de processamento gráfico, o ambiente do CESUP conta com 8 GPUs nVIDIA Tesla em 2 unidades S1070 e 1 ATI FireStream 9170. Um software development kit (SDK), desenvolvido no CESUP e projetado de modo a integrar-se perfeitamente ao ambiente computacional, permite que os usuários programem usando tanto Compute Unified Device Architecture (CUDA) quanto Open Computing Language (OpenCL), de maneira simples e rápida.

 

Softwares Disponíveis

Todas as distribuições de software livre disponibilizadas pelo CESUP são enlaçadas (quando cabível) a bibliotecas de otimização, fornecendo o melhor desempenho possível. Uma ampla variedade de softwares voltados ao processamento de alto desempenho estão disponíveis aos usuários do CESUP. Entre eles, o Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousands of Atoms compilado com suporte a cálculos de transporte balístico eletrônico (SIESTA/TranSIESTA), o General Atomic and Molecular Electronic Structure System (GAMESS) e o Groningen Machine for Chemical Simulations (GROMACS).


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